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Multiomics Analysis Reveals Therapeutic Targets for Chronic Kidney Disease With Sarcopenia

IF=9.1!南大医学院团队用“多组学共病+实验验证”发双一区TOP!这套SOP可直接复刻!

发表期刊:Journal of Cachexia Sarcopenia And Muscle | IF:9.1 | 发表时间:2025-02-09 | DOI:10.1002/jcsm.13696

详细内容

一、一段话总结

该研究首次从 “肾脏 - 肌肉对话” 调控网络视角,通过构建 0.2% 腺嘌呤诱导的慢性肾病(CKD)伴肌减少症小鼠模型,结合多组学技术(肾脏转录组、肾脏 / 血清 / 骨骼肌串联质谱标签 [TMT] 蛋白质组)筛选差异分子,再经 C2C12 肌管细胞实验和小鼠 Spp1 中和抗体动物实验验证,发现Spp1(分泌型磷蛋白 1) 是 CKD 伴肌减少症的潜在治疗靶点 ——CKD 状态下肾脏分泌 Spp1 增加,通过血液循环上调肌肉萎缩标志物(Murf-1)并减小肌管面积,而药理抑制 Spp1 可显著改善 CKD 小鼠的肌肉重量、握力及肌萎缩表型,同时调节肌肉中蛋白消化吸收、ECM - 受体相互作用等关键通路;此外,S100a9 也被发现与肌萎缩相关,但需进一步验证。该研究为 CKD 伴肌减少症的机制解析和治疗提供了新的理论基础与靶点。

二、文献介绍

项目
内容
中文标题
多组学分析揭示慢性肾病伴肌减少症的治疗靶点
原文标题
Multiomics Analysis Reveals Therapeutic Targets for Chronic Kidney Disease With Sarcopenia
发表期刊
Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle(JCEM)
发表时间
2025 年(接受时间:2025 年 1 月 2 日,卷期:2025; 16:e13696)
影响因子
根据该期刊近年数据,影响因子通常在 10-15 分区间(如 2023 年影响因子约 12.0),属于肌肉减少症、慢性肾病领域 Top 期刊,聚焦恶病质、肌少症及相关代谢疾病机制与治疗
通讯作者
夏正坤(njxzk@126.com)、季晨博(chenboji@njmu.edu.cn)、高春林(Shuangmu34@163.com)
研究单位
南京大学医学院附属金陵医院儿科、南京医科大学附属妇幼保健院等(中国南京)

三、研究背景

  1. 疾病负担:慢性肾病(CKD)是全球公共卫生问题,影响全球 10%-15% 成人,2017 年全球患者达 6.975 亿(中国 1.323 亿);肌减少症(骨骼肌力量、质量及功能下降的消耗综合征)在 CKD 患者中高发(尤其终末期肾病、血液透析患者)。
  1. 临床危害:CKD 伴肌减少症进展隐匿,可导致患者生活质量下降,跌倒、骨折风险增加,住院率及死亡率升高,但机制尚未完全明确。
  1. 现有研究局限:目前研究多关注肌肉内分子变化(如线粒体功能障碍、氧化应激升高、炎症增加),但肾脏作为核心病变器官及内分泌器官,其分泌的循环因子对肌肉的调控作用(“肾 - 肌轴”)研究不足。
  1. 技术契机:多组学技术(转录组、蛋白质组)已广泛用于肾病研究(如筛选生物标志物、解析发病机制),为从 “肾 - 肌轴” 角度探索 CKD 伴肌减少症机制提供了工具。
  1. 研究目的:通过多组学分析结合细胞、动物实验,建立 “肾 - 肌对话” 调控网络,筛选并验证 CKD 伴肌减少症的潜在治疗靶点。

四、数据来源

研究数据分为动物样本人类样本两类,具体如下:
样本类型
来源与分组
样本采集内容
排除 / 纳入标准
动物样本
8 周龄雄性 C57BL/6JNifdc 小鼠(北京维通利华),分为:1. NC 组(n=6):AIN-93G 常规饲料2. CKD 组(n=6):0.2% 腺嘌呤 AIN-93G 饲料(喂养 6 周)3. Spp1 中和组(n=6):10 周龄雄性小鼠先喂 4 周腺嘌呤饲料,再腹腔注射 Spp1 中和抗体(100μg/kg/ 天);对照组(n=7):注射 IgG
1. 每周采集:体重、握力2. 6 周后采集:肾脏、血清、骨骼肌(腓肠肌、胫骨前肌、比目鱼肌)、肝 / 心 / 胰 / 脾 / 肺3. 功能检测样本:肾功能(BUN、Scr)、病理切片(肾脏 / 肌肉)
无额外排除,确保分组前体重无统计学差异,动物实验经金陵医院动物伦理委员会批准(2022DZGKJDWLS-00168)
人类样本
金陵医院接受根治性肾切除术的肾癌患者,分为:1. CKD 组:eGFR<60 mL/min/1.73m²(持续> 3 个月)2. 对照组:eGFR>90 mL/min/1.73m²
远离肿瘤的肾组织(用于免疫组化检测 Spp1)
纳入:年龄≥18 岁,自愿参与;排除:急性肾损伤、活动性感染、妊娠、乙肝 / 梅毒 / HIV 感染,符合赫尔辛基宣言,经金陵医院伦理委员会批准,获知情同意

五、研究框架及详细技术路线图

1. 整体研究框架

以 “模型构建→多组学筛选→功能验证→机制解析” 为核心,从 “肾 - 肌轴” 角度系统探索 CKD 伴肌减少症的治疗靶点,具体框架如下:
  1. 构建 CKD 伴肌减少症小鼠模型并验证;
  1. 多组学检测(转录组 + TMT 蛋白质组)筛选肾脏 - 血清 - 肌肉的关键差异分子;
  1. 生物信息学分析(PCA、Venn、KEGG、GSEA、相关性网络)缩小靶点范围;
  1. 细胞实验(C2C12 肌管)验证靶点对肌萎缩的影响;
  1. 动物实验(Spp1 中和抗体)验证靶点的治疗潜力;
  1. 人类样本验证靶点在 CKD 患者中的表达特征;
  1. 转录组分析靶点抑制后肌肉的通路变化,解析机制。

2. 详细技术路线图

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六、研究步骤及结果展示

步骤 1:构建并验证 CKD 伴肌减少症小鼠模型

目的:确认 0.2% 腺嘌呤饲料可诱导小鼠出现 CKD 及肌减少症表型。
结果
  1. 一般指标:CKD 组小鼠体重、握力随喂养时间进行性下降,BUN、Scr 显著高于 NC 组(p<0.05,图 1B、C);
  1. 肾脏病理:CKD 组小鼠肾脏出现显著肾小管萎缩、间质纤维化(HE/Masson/PAS 染色,图 1E);
  1. 肌肉表型:CKD 组腓肠肌、胫骨前肌、比目鱼肌重量显著降低(p<0.05,图 1D),肌肉 CSA(横截面积)显著减小(HE / 天狼星红染色,图 1F);
结论:0.2% 腺嘌呤饲料成功构建 CKD 伴肌减少症小鼠模型。

步骤 2:多组学筛选肾脏 - 血清 - 肌肉的核心差异分子

目的:从 “肾 - 肌轴” 角度筛选调控肌萎缩的关键循环因子。
结果
  1. 分组聚类有效性:PCA 分析显示,肾脏转录组、肾脏 TMT、血清 TMT 均能有效区分 CKD 与 NC 组(图 2A);
  1. 差异分子筛选
    • 肾脏转录组与 TMT 共筛选出 503 个共上调、377 个共下调基因 / 蛋白(图 2B);
    • 与血清 TMT 叠加后,得到 22 个共上调、7 个共下调差异蛋白(图 2C);
    • 热图与 Top10 重叠分析,最终锁定 6 个核心蛋白:Spp1、S100a9、Hp、Orm1、Ltf、Chil3(图 2D-F);
  1. 肌肉通路变化:肌肉 TMT 筛选出 240 个上调、188 个下调差异蛋白,KEGG/GSEA 显示:
    • 下调通路:氧化磷酸化、TCA 循环(线粒体功能相关);
    • 上调通路:ECM - 受体相互作用、血小板活化(肌肉纤维化相关)(图 3);
  1. 相关性网络:Spp1 等 5 个蛋白(排除 Chil3)与肌肉关键通路(如氧化磷酸化、ECM - 受体)显著相关,提示其可能调控肌萎缩(图 4);
结论:Spp1、S100a9 为优先级最高的潜在调控因子。

步骤 3:细胞实验验证 Spp1/S100a9 对肌萎缩的影响

目的:在体外验证 Spp1/S100a9 是否直接诱导肌萎缩。
结果
  1. 肌萎缩标志物变化
    • 1000ng/mL Spp1 重组蛋白处理后,肌管中 Murf-1 蛋白水平显著升高(p<0.05,图 5B);
    • 100ng/mL S100a9 重组蛋白处理后,肌管中 Atrogin-1 蛋白水平显著升高(p<0.05,图 S3A);
  1. 肌管形态:高浓度(1000ng/mL)Spp1/S100a9 均显著减小肌管面积(MYH 免疫荧光染色,p<0.05,图 5C、图 S3B);
结论:Spp1、S100a9 在体外可诱导 C2C12 肌管萎缩,提示其为肌萎缩调控因子。

步骤 4:验证 Spp1 在 CKD 模型及人类样本中的表达

目的:确认 Spp1 在 CKD 状态下的表达特征(肾脏分泌→血清升高)。
结果
  1. 小鼠血清:CKD 组血清 Spp1 浓度显著高于 NC 组,且与肌肉重量呈负相关(r=-0.647,p=0.023,图 6A);
  1. 小鼠肾脏:CKD 组肾组织 Spp1 mRNA(qPCR)、蛋白(WB)水平显著升高(p<0.05,图 6B、C),免疫组化显示 Spp1 阳性信号增强(图 6D);
  1. 小鼠肌肉:CKD 组与 NC 组肌肉中 Spp1 蛋白水平无差异(WB,图 6C),提示 Spp1 可能由肾脏分泌而非肌肉自身产生;
  1. 人类肾组织:CKD 患者肾组织中 Spp1 免疫组化阳性率显著高于对照组(图 6E);
结论:CKD 状态下肾脏分泌 Spp1 增加,导致血清 Spp1 升高,可能通过循环调控肌肉。

步骤 5:Spp1 中和抗体改善 CKD 小鼠肌减少症

目的:在体内验证抑制 Spp1 是否可缓解肌萎缩。
结果
  1. 一般指标:Spp1 中和抗体组小鼠体重下降减缓,握力显著高于 IgG 对照组(p<0.05,图 7B、C);
  1. 肌肉保护:中和组腓肠肌、胫骨前肌重量显著增加(p<0.05,图 7D),肌肉 CSA 分布右移(即大 CSA 肌纤维比例增加,图 7F);
  1. 分子变化:中和组血清 Spp1 浓度显著降低(p<0.05,图 7E),肌肉中 Atrogin-1、Murf-1 的 mRNA / 蛋白水平显著降低(p<0.05,图 8E、F);
  1. 肾功能改善:中和组 BUN、Scr 轻度降低(图 S4A、B);
结论:药理抑制 Spp1 可显著改善 CKD 小鼠的肌减少症表型。

步骤 6:解析 Spp1 抑制后肌肉的通路变化

目的:探索 Spp1 调控肌萎缩的潜在分子通路。
结果
  1. 转录组聚类:RNA-seq 的 PCA 分析显示,Spp1 中和组与 IgG 对照组肌肉样本可有效区分(图 8A);
  1. 差异基因筛选:共筛选出 1157 个上调、760 个下调差异基因(火山图,图 8B);
  1. 通路富集:KEGG 分析显示,差异基因显著富集于蛋白消化吸收、胰高血糖素信号通路、Apelin 信号通路、ECM - 受体相互作用等(图 8D),提示这些通路可能介导 Spp1 的肌萎缩调控作用;
结论:Spp1 可能通过调控蛋白代谢、能量信号及 ECM 重构通路诱导肌萎缩。

七、研究结论

  1. 机制创新:首次建立 “肾脏 - 肌肉对话” 调控网络,证实 CKD 状态下肾脏分泌的 Spp1 是连接肾损伤与肌萎缩的关键循环因子,为 “肾 - 肌轴” 调控肌减少症提供了直接证据;
  1. 靶点确认:通过多组学筛选 + 细胞 / 动物 / 人类样本验证,确认Spp1 是 CKD 伴肌减少症的潜在治疗靶点—— 抑制 Spp1 可降低肌萎缩标志物(Atrogin-1、Murf-1),增加肌肉重量与 CSA,改善握力;
  1. 通路提示:Spp1 可能通过调控肌肉中蛋白消化吸收、ECM - 受体相互作用、胰高血糖素信号等通路诱导肌萎缩,为后续机制研究提供方向;
  1. 其他候选因子:S100a9 在体外可诱导肌萎缩,但体内功能及机制需进一步验证;
  1. 临床意义:为 CKD 伴肌减少症的治疗提供了新靶点(如 Spp1 中和抗体),有望改善患者预后(降低跌倒、住院风险,提高生活质量)。
研究局限性:需在更多 CKD 模型(如糖尿病肾病)中验证 Spp1 的作用,需进一步明确 Spp1 调控肌萎缩的具体分子机制(如受体介导的信号通路),需扩大人类样本验证血清 Spp1 与肌减少症的临床关联。


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